Schattenwölfe waren nahe Verwandte der Grauwölfe innerhalb der Gattung Canis.

Dire Wolves sahen Grauwölfen so ähnlich, dass sie während des größten Teils ihrer wissenschaftlichen Geschichte als Canis dirus eingeordnet wurden. Die eigene Gattung Aenocyon war zwar schon 1918 vorgeschlagen worden, setzte sich aber lange nicht durch.

2021 kam der erste starke genetische Test. Forschende gewannen alte DNA aus fünf Dire-Wolf-Funden, die etwa 13.000 bis über 50.000 Jahre alt waren. Die Genome gruppierten die Tiere nicht eng mit Grauwölfen. Stattdessen zeigte sich eine deutlich ältere Abspaltung von den heute lebenden wolfsartigen Caniden. Das stützte die Wiederbelebung des Namens Aenocyon dirus.

Die Studie von 2021 deutete außerdem darauf hin, dass sich Dire Wolves weitgehend isoliert entwickelt hatten und kein erkennbarer Genfluss mit Grauwölfen oder Kojoten stattgefunden hatte. Bessere Genome änderten diesen Teil des Bildes. 2026 wurden höher aufgelöste Paläogenome veröffentlicht, die Hinweise auf eine alte Vermischung in der Abstammung der Dire Wolves zeigten.

Nach diesem Modell stammten ungefähr zwei Drittel ihrer Abstammung aus einer Linie, die Schwester der Gruppe aus Grauwölfen, Kojoten und Rothunden war. Etwa ein Drittel kam aus einer älteren, basaleren Canini-Linie.

Die wichtigste Korrektur von 2021 bleibt damit bestehen: Dire Wolves waren nicht einfach nahe Grauwolf-Verwandte innerhalb von Canis. Neu ist vor allem, dass auch ihre tiefere Abstammungsgeschichte offenbar durch Vermischung geprägt war und nicht durch vollständige Isolation.