Protisten bilden ein einziges zusammenhängendes natürliches Reich einfacher Eukaryoten.

Das Reich Protista löste ein praktisches Klassifikationsproblem.

Viele mikroskopische Organismen besitzen Zellen mit Zellkern und sind damit Eukaryoten, lassen sich aber nicht eindeutig als Tiere, Pflanzen oder Pilze einordnen. Sie gemeinsam als Protisten zu führen, verhinderte, dass man sie in unpassende bekannte Gruppen zwingen musste.

Das Problem war, dass „Protist“ vor allem beschrieb, was ein Organismus nicht war.

Eine natürliche evolutionäre Gruppe sollte Organismen umfassen, die einen gemeinsamen Vorfahren teilen und möglichst auch alle Nachkommen dieses Vorfahren einschließen. Protista erfüllte diese Bedingung nicht.

Mikroskopische Untersuchungen zeigten zunächst große Unterschiede im Zellbau der zusammengefassten Organismen. DNA- und RNA-Vergleiche machten das evolutionäre Problem noch deutlicher.

Einige traditionelle Protisten sind nahe Verwandte von Tieren und Pilzen. Andere stehen Pflanzen näher. Wieder andere gehören zu ganz anderen tiefen Ästen des eukaryotischen Stammbaums.

Moderne Klassifikationen teilen Eukaryoten deshalb auf mehrere große evolutionäre Gruppen auf, statt alle Protisten als ein einziges Reich zu behandeln.

Der Begriff Protist bleibt in Ökologie und Unterricht als informelle Bezeichnung für viele überwiegend mikroskopische Eukaryoten nützlich. Aufgegeben wurde die Behauptung, sie bildeten gemeinsam einen einzigen geschlossenen Zweig des Lebens.