Bakterien sind unstrukturierte Enzymsäcke ohne Zytoskelett oder geordnetes Inneres.

Über weite Teile des 20. Jahrhunderts schien der Unterschied zwischen komplexen Zellen und Bakterien offensichtlich. Tier- und Pflanzenzellen besaßen sichtbare innere Strukturen und ein Zytoskelett – ein Gerüst aus Proteinen, das die Zelle organisiert. Bakterien wirkten dagegen wie winzige, beinahe strukturlose Säcke voller Enzyme.

Ihre geringe Größe war ein Teil des Problems. Viele bakterielle Strukturen sind zu klein, um sie mit gewöhnlichen Lichtmikroskopen aufzulösen. Ein organisiertes Zellinneres konnte daher leicht leer erscheinen.

Genetik und bessere Bildgebungsverfahren änderten dieses Bild. Das bakterielle Protein FtsZ, ein Verwandter des Tubulins im Zytoskelett von Tier- und Pflanzenzellen, bildet dort einen Ring, wo sich ein Bakterium teilen wird. Ein weiteres Protein, MreB, ist mit Aktin verwandt und hilft bei der Organisation der Zellform.

Weitere bakterielle Systeme positionieren Chromosomen, Enzyme, Proteinkomplexe und spezialisierte Bereiche innerhalb der Zelle. Bakterien besitzen im Allgemeinen nicht dieselben großen membranumhüllten Organellen wie Tier- und Pflanzenzellen. Ihr Inneres ist aber nicht unstrukturiert, sondern auf kleinerem Maßstab und auf andere Weise organisiert.